Formatowanie dyskietki stosuje się w celu usunięcia z niej wszystkich danych, przywrócenia prawidłowego stanu nośnika po błędach w zapisie i odczycie lub utworzenia dyskietki startowej. W czasie formatowania wszystkie informacje znajdujące się na dyskietce zostają z niej usunięte. W każdym systemie można przeprowadzić tzw. szybkie formatowanie polegające jedynie na usunięciu zawartości dyskietki oraz pełne formatowanie, w wyniku którego usunięta zostaje zawartość dyskietki oraz przemagnesowany zostaje jej nośnik.
Najszybszy sposób usunięcia całej zawartości dyskietki w Windows polega na jej sformatowaniu z opcjami u i q. W okienku trybu znakowego (w Windows XP po wywołaniu menu StartyUruchorrĄcmd) wystarczy wpisać polecenie format a: /ą/u. Po zaledwie kilkunastu sekundach otrzymasz czystą dyskietkę. Uruchomienie polecenia formatowania dyskietki w systemie Windows odbywa się w następujący sposób: otwórz Mój komputer i w otwartym oknie kliknij prawym przyciskiem myszki ikonę Dyskietka 3,5 [A:]. Wyświetlone zostanie menu podręczne, w którym należy wybrać opcję Formatuj. W ten sposób otworzysz okno dialogowe Formatuj – Stacja dyskietek 3,5 [A:] (rysunek 4.7.). Tutaj możesz wybrać i uruchomić odpowiednią opcję formatowania.