Pomimo wzrostu zarówno wydajności, jak i pojemności dysków IDE, standard ten ma kilka ograniczeń. Pierwszym z nich jest to, że poprzez interfejsy IDE można podłączyć tylko cztery urządzenia – dwa do sterownika pierwszego oraz dwa do drugiego. Limit obejmuje wszystkie urządzenia IDE, więc po podłączeniu napędów CD-ROM i Zip pozostają tylko dwa porty dla twardych dysków. Na szczęście, z uwagi na duże pojemności produkowanych obecnie dysków, nie jest to aż tak dużym problemem. Ograniczenia dotyczą również obsługi urządzeń zewnętrznych dołączanych do interfejsu IDE i związane są z dopuszczalną długością przewodów sygnałowych – maksymalnie ok. 60 centymetrów na złącze lub ok. 30 centymetrów w przypadku niektórych urządzeń UltrATA/66. Następnym utrudnieniem jest zatrzymywanie pracy jednego urządzenia w chwili, gdy drugie podłączone do tego samego sterownika, próbuje uzyskać dostęp do szyny. Ma to miejsce nawet w przypadku urządzeń wykorzystujących mechanizm DMA. Mając przykładowo podłączony napęd CD-ROM i twardy dysk do tego samego złącza IDE, dysk musi bezczynnie czekać aż CD-ROM zakończy transfer danych. Generalnie rzecz biorąc dla większości użytkowników dyski EIDE lub lepsze są wystarczająco efektywnym rozwiązaniem. Pojemność i wydajność wytwarzanych obecnie dysków powodują, że gry są ładowane szybko, co skraca czas oczekiwania.
