Wirusy mogą działać w różny sposób. Działanie jednych ogranicza się jedynie do wyświetlania na ekranie komputera żartobliwych lub złośliwych tekstów lub odtwarzania dźwięków, inne działają niszczycielsko. Potrafią nie tylko ingerować w pliki, ale również niszczyć dane. Pojawiają się wirusy (jak słynny Czarnobyl) ingerujące także w sprzęt, np. są w stanie zniszczyć BIOS komputera, bez którego niemożliwe staje się jego uruchomienie. Oprócz typowych wirusów komputerowych istnieją ich inne odmiany, groźne dla użytkowników. Są to m.in.: bomba logiczna – podstępnie wprowadzany do komputera program, który może przez długi czas pozostawać w ukryciu. Uaktywnia się dopiero w określonych okolicznościach, np. w danym dniu danego miesiąca; koń trojański – program, który również w podstępny sposób przenika do komputera; ze względu na swoje możliwości bez wiedzy prawowitego użytkownika pozwala np. na podglądanie zawartości jego komputera, przechwytywanie haseł dostępu do dokumentów i aplikacji, rejestrowanie połączeń z innymi komputerami itp. Konie trojańskie są najpopularniejsze w środowiskach sieciowych, w tym w sieci Internet; robak – program komputerowy, który istnieje samodzielnie, bez udziału nosiciela. Potrafi również samoczynnie uruchamiać swoje liczne kopie. Programy tego typu zwykle wyczerpują zasoby dyskowe (np. zwiększając objętość plików) i pamięciowe komputerów (np. uruchamiając wiele programów naraz).
