Zapis danych na dysku można porównać do układania towaru w skrzynkach na półkach magazynu. Skrzynki to np. klastry, a półki to ścieżki i sektory dysku. Kiedy magazyn jest pusty, magazynier może układać każdy asortyment osobno w sposób ciągły, np. pudełka butów jedno za drugim, potem pantofle itd. W magazynie, podobnie jak na dysku, panuje nieustanny ruch. Po jakimś czasie pomieszczenie jest zapełnione licznymi towarami, ale mimo to znajduje się w nim bardzo dużo wolnego miejsca pomiędzy pudełkami. Po otrzymaniu dostawy sandałów magazynier umieści je właśnie pomiędzy butami, ponieważ tylko tam znajdzie wolną przestrzeń. Odszukanie wszystkich typów i numerów sandałów porozrzucanych po całym magazynie będzie możliwe, ale bardzo czasochłonne. Podobna sytuacja występuje na dysku po dłuższym czasie pracy, gdy jeden plik może znajdować się w wielu różnych miejscach. Defragmentacja dysku jest więc ponownym „poukładaniem” plików w sposób uporządkowany, ciągły i jeden za drugim. W systemie Windows uruchamiamy proces de- fragmentacji podobnie jak sprawdzanie dysku (zaznaczyć odpowiedni dysk, kliknąć prawym przyciskiem myszki, wybrać opcję Właściwości, zakładka Narzędzia i przycisk Defragmentuj), z kolei w Linuksie defragmentacja dysku przebiega samoczynnie, może ją także przeprowadzić sam użytkownik.
