Każdy system operacyjny odmiennie zarządza danymi na dyskach. Mówimy wtedy o systemie plików, czyli sposobie, w jaki zapisuje on, odszukuje i zabezpiecza pliki. Różne systemy operacyjne wykorzystują różne systemy plików. Na przykład system Windows 98 lub Me wykorzystuje system plików FAT32 {File Allocation Table), z kolei Windows 2000 czy XP może pracować z systemem plików FAT32 lub NTFS (New Technology File System), a Linux korzysta np. z systemu o nazwie Ext2FS {Second Extended File System). Różnice pomiędzy systemami plików dotyczą m.in. sposobu wykorzystania miejsca na dysku, rozmiaru partycji dysku (czyli logicznego obszaru dysku twardego), nazw plików i folderów oraz ich bezpieczeństwa. Systemy operacyjne mogą w różny sposób zarządzać plikami na dysku. Np. w Windows informacje o nich są przechowywane w tablicy alokacji plików (FAT), stanowiącej rodzaj spisu treści, z którego korzysta system operacyjny, kiedy użytkownik lub program chce otworzyć plik lub folder. System ten jednak nie jest bezpieczny, gdyż każdy użytkownik może usunąć dowolne pliki. W sytuacjach gdy z jednego komputera korzysta wielu użytkowników równocześnie (np. tak się dzieje w sieci Internet), system operacyjny musi gwarantować większe bezpieczeństwo, aby nie mogli oni usuwać lub zmieniać cudzych plików. Tym cechują się właśnie systemy plików NTFS i Ext2FS. Praca w wymienionych systemach jest możliwa tylko po wprowadzeniu nazwy użytkownika i jego hasła. Dzięki tym informacjom system wie, kto tworzy pliki i próbuje je usuwać.
